Phân Viện KHCNXD Miền Nam có 01 Giám đốc, 03 Phó giám đốc và các phòng ban trực thuộc.
Các đơn vị trực thuộc Phân Viện KHCNXD Miền Nam:
1- Phòng Tổng hợp;
2-Phòng Kỹ thuật nền móng;
3-Phòng Tư vấn thiết kế & Xây dựng;
4- Phòng Vật liệu xây dựng;
5- Phòng phát triển công nghệ xây dựng; 6-Phòng Tư vấn giám sát – Quản lý dự án;
7- Phòng Thí nghiệm Tổng hợp (LAS-XD 30).

Với hơn 150 cán bộ công nhân viên trong đó 02 Tiến sĩ, 15 Thạc sĩ , 80 Kỹ sư trình độ cao và công nhân lành nghề, có nghiệp vụ, có năng lực và kiến thức chuyên môn cao, trang thiết bị hiện đại, Phân Viện Khoa học Công nghệ Xây dựng Miền Nam (IBST/S) luôn cố gắng đáp ứng tốt nhất mọi nhu cầu và mong đợi của khách hàng bằng các các kết quả nghiên cứu khoa học và dịch vụ kỹ thuật với chất lượng cao nhất.
Phân Viện Khoa học Công nghệ Xây dựng Miền Nam (IBST/S) luôn hướng tới chất lượng và hiệu quả trong mọi hoạt động của mình nhằm tiến gần tới trình độ Khu vực và Quốc tế, góp phần tích cực vào việc quản lý Ngành, Bộ.
Phân Viện Khoa học Công nghệ Xây dựng Miền Nam luôn sẵn sàng hợp tác, liên danh liên kết với các Viện nghiên cứu, các Trường Đại học, các Công ty trong và ngoài nước về lĩnh vực nghiên cứu khoa học, triển khai dịch vụ kỹ thuật và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực xây dựng